El área del actual Malí fue uno de los más importantes puntos de partida de las rutas comerciales transaharianas, por las que los pastores bereberes realizaban regularmente el tráfico de oro, marfil, cobre, esclavos, cola y pieles a cambio de sal. Por influencias procedentes del valle del Nilo y los bereberes del norte, se formaron una serie de organizaciones estatales centralizadas, que se mantuvieron sobre las sociedades agrícolas preexistentes, centralizaron y dominaron el comercio a larga distancia y aportaron algunas técnicas nuevas en la minería, metalurgia y comercio.
El primer imperio del que se tiene noticias históricas fue el de Ghana, al norte de los afluentes del Níger superior y el Senegal, que en los S. VIII era conocido en Marruecos como exportador de oro y distribuidor de sal marroquí.
Entre los S. XV y XVI, Malí fue dominada por el imperio songhay de Gao. La destrucción de este imperio por las expediciones marroquíes abrió un período de anarquía en el valle del Níger.
Durante el S.XIX se produjo una reacción islámica por la que se logró dominar todo el territorio hasta que fue sometido por los franceses. La presencia europea dio comienzo en 1880 con la penetración francesa procedente de las costas de Senegal.
El territorio de Sudán francés accedió a la autonomía interna en el seno de las Communauté Française, y formó con Senegal la Federación de Malí en 1959, que adquirió plena independencia el 20 de junio de 1960. El antagonismo político entre el presidente de la federación y su primer ministro provocó la secesión de Senegal y la disolución de la Federación. Sudán conservó el nombre de la ex federación y proclamó la República de Malí el 19 de agosto de 1960. Modibo Keïta, primer presidente del nuevo Estado, apoyado por el único partido autorizado del país, la Unión Sudanesa, promovió una política de socialización de la tierra y de acercamiento a los países del este, especialmente a China.
Las relaciones con Senegal y Francia, deterioradas a raíz de la ruptura de la federación, mejoraron hasta alcanzar un elevado nivel de cooperación. Malí tuvo estrechas relaciones con Guinea y Ghana.
Depuesto Keïta tras un golpe militar en noviembre de 1968, asumió el poder un Comité Militar de Liberación Nacional, encabezado por Traoré. Fue disuelta la Unión Sudanesa y abolida la Constitución. Traoré asumió también la jefatura del gobierno. En junio de 1974 fue aprobada por referéndum una nueva constitución que consolidaba el régimen militar. Su gobierno se caracterizó por la dictadura, la represión política y el crecimiento de la deuda externa del país. La economía, basada en la agricultura y la ganadería, se vio duramente afectada tras siete años de sequía (1968-75). En 1979 fue modificada la Constitución para establecer un régimen de partido único, Unión Democrática del Pueblo de Malí. Bajo este sistema se celebraron elecciones en 1979, 1982 y 1988.
El descontento popular por la carestía y la falta de democracia culminó en marzo de 1991 en un golpe de Estado encabezado por Touré. En febrero de 1992, tuvieron lugar las primeras elecciones multipartidarias de Malí.
En febrero de 1993, Moussa Traoré, quien ganó las elecciones de 1992, es condenado a muerte, para finalmente ser liberado de esta condena en 1997. Ese mismo año, Konaré será reelegido en las elecciones de mayo de 1997. En mayo de 2002, el general Amadou Toumani Touré, candidato de la oposición es elegido en las segundas vuelta presidente de la república.
En los años recientes el gobierno de Malí se ha enfrentado a varias rebeliones de los tuareg, producto de la represión y marginalidad en la que estos han sido obligados a vivir, entre 1990 y 1995 se produjo una gran rebelión, sin embargo, en 1994 con los acuerdos de paz el gobierno logró integrar a sus tropas a 1.500 rebeldes y otros 4.860 volvieron a la vida civil. A pesar de esto, los acuerdos no fueron respetados y una nueva rebelión se produjo entre 2007 y 2009 que costó 20.000 vidas en Níger y Malí.

La superficie del país es llana, con mesetas y llanuras en las que apenas destacan algunos promontorios. Las mesetas del sur y del suroeste alcanzan los 640 m de altitud en Sabadugu y están surcadas por valles fluviales. Las del sureste y el este se caracterizan por pequeñas colinas, que alcanzan altitudes entre los 305 y los 520 m. Las amplias llanuras del Tanezruft y del Taudeni, en el norte, se adentran en el desierto del Sáhara. El suroeste y la región central del sur están formados por las llanuras del valle superior del río Níger.

Aproximadamente una tercera parte del Níger circula por Mali, en una extensión de 1.800 kilómetros, y allí forma un delta interior. Las crecidas periódicas y la formación de suelos fértiles han convertido el delta del Níger en una zona de particular importancia agrícola. El río Senegal recorre una porción del oeste de Mali.

El territorio del país cubre tres zonas muy diversas, tanto por sus condiciones climáticas como por la vegetación característica en esas latitudes: la sudanesa, la saheliana y la sahariana. La primera zona, en el sureste, se caracteriza por un promedio anual de precipitaciones comprendidas entre los 500 mm y 1.300 mm y por temperaturas medias que oscilan entre los 24 y los 30ºC. La zona del Sahel bordea el Sáhara al norte y se caracteriza por recibir una media 200-500mm de precipitaciones anuales y unas temperaturas que oscilan entre los 23 y los 36ºC. En el norte predomina un clima desértico, con ausencia de lluvias, extrema sequedad y temperaturas que alcanzan los 47ºC de día y descienden hasta los 4ºC por la noche (fuente: Ministerio de Asuntos Exteriores de España)

Malí se encuentra en la zona intertropical y tiene un clima cálido y seco, con el sol cerca del cenit durante la mayor parte del año. En general, hay dos estaciones distintas, la seca y la húmeda. La estación seca, que dura de noviembre a junio, se caracteriza por la baja humedad y las altas temperaturas, y está influida por los vientos alize y harmattan. El alize sopla desde el noreste de noviembre a enero y provoca un periodo relativamente fresco, con temperaturas medias de 25 °C. De marzo a junio, el harmattan, un viento seco y cálido que sopla desde el este del Sáhara, barre la tierra en torbellinos de polvo y va acompañado de temperaturas diurnas de entre 40 y 45 °C (104 y 113 °F).

Durante la temporada de lluvias, de junio a octubre, el viento monzónico sopla desde el suroeste. Precedidas por grandes nubes negras, las fuertes tormentas suelen incluir vientos racheados y muchos relámpagos y truenos. Las temperaturas son algo más bajas en agosto, cuando se producen la mayoría de las precipitaciones.

El país puede dividirse en tres zonas climáticas: la sudanesa, la saheliana y la desértica.

El clima sudanés se da en aproximadamente un tercio del país, desde la frontera sur hasta la latitud 15° N. Se caracteriza por una pluviometría anual de 510 a 1.400 mm y unas temperaturas medias de 24 a 30 °C.

El Sahel, o la zona que bordea el Sáhara, recibe entre 200 y 510 mm (8 y 20 pulgadas) de lluvia al año y tiene unas temperaturas medias de entre 23 y 36 °C (73 y 97 °F).

En el desierto (Sáhara), las temperaturas durante el día oscilan entre 47 y 60 °C (117 y casi 140 °F), mientras que por la noche la temperatura desciende a 4 y 5 °C (39 y 41 °F) (fuente: Britannica)