La isla de Bioko (antiguamente, Fernando Poo) fue avistada por el explorador portugués Fernão do Pó, probablemente en 1472. Annobón fue avistada probablemente por Ruy de Sequeira en un día de Año Nuevo (de ahí el nombre, que significa «año bueno») entre 1472 y 1475. Por el Tratado de Tordesillas (1494), los portugueses tenían derechos comerciales exclusivos en África. En 1778,  aceptaron ceder a España las islas de Annobón y Fernando Poo, así como los derechos en la costa continental entre los ríos Ogooué y Níger. A cambio, España cedió a Portugal el territorio que hoy es Brasil. Los españoles fueron pronto diezmados por la fiebre amarilla en Fernando Poo, y se retiraron en 1781. No se produjo ninguna ocupación europea en el continente.

Administración británica

Tras la abolición británica de la trata de esclavos en 1807, la Marina Real necesitaba bases para controlar la supresión efectiva del negocio del esclavismo. Se instalaron en Fernando Poo, que estaba desocupada, además de en dos bases ofrecidas en alquiler por los españoles: en Port Clarence (más tarde Santa Isabel, ahora Malabo) y en la bahía de San Carlos (ahora bahía de Luba).

En Fernando Poo, en ausencia de los españoles,  los británicos también se encargaron de administrar la isla, a la que llevaron a esclavos liberados de diferentes partes del mundo. Ante la negativa de España de venderles la isla, en 1843 la Marina Real concentró su patrulla antiesclavista en Freetown, en Sierra Leona, y sus edificios en Fernando Poo fueron vendidos a una misión baptista.

Guinea española

En 1844 los españoles volvieron a Fernando Poo, expulsaron a los baptistas e instalaron un penal para cubanos, y se adentraron en la zona continental. Tras la guerra hispano-estadounidense (1898), Guinea Española quedó como la última colonia tropical importante de España. El Tratado de París (1900) entre España y Francia estableció los límites fronterizos entre el territorio francés y español en torno a Río Muni, delimitando la superficie guineana.

En 1959 se modificó el estatus de la Guinea Española, y la región se reorganizó en dos provincias de ultramar, cada una de las cuales quedó a cargo de un gobernador civil. Los ciudadanos, incluidos los africanos, obtuvieron los mismos derechos que los ciudadanos de España. En 1963 se acordó, por plebiscito,  la autonomía económica y administrativa para las dos provincias, que a partir de entonces se llamaron Guinea Ecuatorial.

Independencia

El 12 de octubre de 1968, el país consiguió su independencia.

El primer presidente fue Francisco Macías Nguema. Tras su elección en 1971, asumió amplios poderes e impulsó una constitución que le nombró presidente vitalicio en julio de 1972 y le asignó el derecho de elección del sucesor. Macías controló la radio y la prensa, prohibió los viajes al extranjero, alimentó el culto a su persona y se produjeron detenciones y ejecuciones sumarias. En 1976, el Gobierno nigeriano, alertado de la vulneración de derechos humanos, repatrió a sus nacionales, que estaban trabajando como jornaleros en las plantaciones de Guinea Ecuatorial

Macías fue derrocado en 1979 por su sobrino, el teniente coronel Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, juzgado por «crímenes contra la humanidad» y  ejecutado.

Teodoro Obiang dirigió un Consejo Supremo Militar, con participación parcial de civiles, que le nombró presidente para un período de siete años. En 1982 se aprobó una nueva constitución, acto al que siguió (1983) la elección de 41 candidatos, todos de la misma lista electoral, al Parlamento

En 1984, el país se adhirió a la unión aduanera y económica de África Central, con lo que se integró en las instituciones financieras del África francófona, adoptando en 1985 el franco CFA como moneda.

Obiang formó el Partido Democrático de Guinea Ecuatorial (PDGE), con el que se presentó, como candidato único, a las elecciones presidenciales de 1989.

Aunque otra nueva constitución  (1991), la cuarta, preveía un estado multipartidista —que dio lugar a las primeras elecciones multipartidistas (1993) —, Obiang no dio signos de querer abandonar voluntariamente el poder, y los opositores que regresaron al país acabaron en la cárcel. El Gobierno de Obiang fue objeto de muchas críticas internacionales por su carácter opresivo. El presidente ejerce un control casi total sobre el sistema político y ha puesto barreras legales y burocráticas que dificultan la oposición política. La corrupción, la pobreza y la represión asolan al país. Los ingentes ingresos del petróleo benefician a la élite. La mala gestión de los fondos públicos y las acusaciones creíbles de corrupción de alto nivel persisten, al igual que otros abusos graves de los derechos humanos, como la tortura, las detenciones arbitrarias y los juicios injustos.

En la década de 1990 y principios de la de 2000, el presidente y los miembros de su partido ganaron repetidamente la reelección por márgenes amplios, en votaciones plagadas de acusaciones de fraude. Además, abundaron las acusaciones de corrupción con los considerables ingresos petroleros del país, que crecieron espectacularmente a partir de finales del siglo XX.

Como venía haciendo desde la década de 1980, Obiang siguió afirmando que era víctima de varios intentos de golpe de Estado, pero la mayoría de las acusaciones no pudieron confirmarse. Una excepción notable fue un complot (2004) del líder conservador de la oposición y exiliado Severo Moto; el plan implicaba a mercenarios extranjeros, entre ellos el británico Simon Mann, condenado a 34 años  de prisión en 2008 e indultado en 2009. Moto fue juzgado in absentia y condenado

En noviembre de 2011, Guinea Ecuatorial aprobó en referéndum numerosos cambios en su Constitución. Los cambios incluían la bicameralidad del Parlamento, la limitación a dos mandatos presidenciales consecutivos, la supresión del límite de edad para los candidatos presidenciales y la creación del cargo de vicepresidente, que sería nombrado por el presidente y que sería el siguiente en la línea de sucesión para asumir la presidencia en caso de que el presidente en funciones muriera o se retirara. Estos cambios, entre otros, fueron denunciados como medios de que se dotaba Obiang para blindar su poder.

En mayo de 2012, Obiang nombró a uno de sus hijos, Teodoro («Teodorin») Nguema Obiang Mangue, como segundo vicepresidente, cargo que no estaba previsto en los recientes cambios constitucionales. Teodorín, vicepresidente primero desde 2016, y considerado como la opción de Obiang para su sucesión, fue condenado en 2017 ( y en 2020, en apelación) en París, a una pena suspendida de tres años de cárcel y 30 millones de euros de multa por corrupción, al considerar que el hijo del presidente de Guinea Ecuatorial se había construido fraudulentamente un patrimonio considerable en Francia.

En las elecciones presidenciales del 24 de abril de 2016, al igual que en los comicios anteriores, Obiang fue reelegido por un enorme margen, el 93,7%-, derrotando a otros seis candidatos, en medio de acusaciones nacionales e internacionales de fraude. En las legislativas y municipales de 2017 (próximas previstas para 2022) el partido predominante, con carácter casi exclusivo, fue el oficialista Partido Democrático de Guinea Ecuatorial (PDGE), presidido por el presidente Obiang, más sus partidos coaligados. Entre los principales partidos opositores se encuentran el conservador Ciudadanos por la Innovación (ilegalizado en 2018), fundado por un ex militar exiliado que sirvió con Obiang y Convergencia para la Democracia Social de Guinea Ecuatorial- CPDS, socialdemócrata.

En 2017 y 2019, hubo dos intentonas frustradas de golpe de Estado, enjuiciadas en el macroproceso de Bata/Ngolo (con 130 condenados en mayo de 2019 a penas de entre 3 y 96 años de prisión) y en un juicio militar en marzo de 2020, respectivamente (fuentes: Britannica y Ministerio de Asuntos Exteriores de España)

Guinea Ecuatorial está situada en el oeste de África. Limita con Camerún al norte y Gabón al este y al sur. Cerca de la costa se encuentran las pequeñas islas de Corisco, Elobey Grande y Elobey Chico (estas dos últimas, prácticamente deshabitadas). Bioko, la mayor de las islas, se encuentra frente a la costa de Camerún, en la bahía de Biafra. En ella se localiza la capital del país, Malabo. La otra isla mayor, Annobón, está ubicada al sur del Ecuador y a casi 640 km al suroeste de Bioko. Las islas son de origen volcánico y suelos muy fértiles. La región continental de Guinea Ecuatorial, llamada Mbini, es una planicie costera, de unos 20 km de ancho y cubierta por densa selva tropical; linda con las colinas de la costa, que conducen a mesetas interiores que se elevan hacia la frontera con Gabón. La cordillera central divide la cuenca del río Mbini, al norte de la cuenca sur, del río Utamboni (Mitèmboni).

El clima, tanto en la región continental como en las islas, es típicamente ecuatorial, con altas temperaturas, fuertes lluvias y mucha nubosidad la mayor parte del año. Las variaciones locales se deben a las diferencias de altitud y a la proximidad del mar. Las estaciones húmedas en la región continental van de febrero a junio y de septiembre a diciembre, y las precipitaciones son mayores en la costa que en el interior. La estación seca de Bioko dura de noviembre a marzo, y el resto del año es lluvioso.