El antiguo nombre del país era Urundi-Ubrundi-Bruwanda. Urundi es la abreviación de «Urundi Rwanda» («La otra Rwanda»), tal como las fuerzas coloniales belgas solían referirse al territorio. El nombre actual del país proviene del lenguaje bantú Kirundi.
El actual territorio de Burundi formó parte, junto con Ruanda y Tanganica, del África Oriental Alemana.
Tras la I Guerra Mundial (1919), y por acuerdo de la Sociedad de Naciones, fue cedido a Bélgica en calidad de mandato, junto con Ruanda.
El primer partido político, el Partido de la Unión y del Progreso Nacional de Burundi – UPRONA-, fue creado en 1959 por la aristocracia tutsi, que encabezó el movimiento nacionalista.
El 1 de julio de 1962 se separó de Ruanda y obtuvo la independencia por acuerdo de la ONU. La estabilidad del país estuvo amenazada por la rivalidad política entre los hutu y los tutsi. A pesar de que en las elecciones de 1965 los hutu obtuvieron la mayoría en la Asamblea Legislativa, el poder quedó en manos de los tutsi. Un grupo hutu miembro del ejército y de la policía, intentó dar un golpe de estado, siendo derrotado por tropas de élite leales a los tutsi, dirigidas por el capitán Michel Micombero.
Las diferencias étnicas entre tutsi y hutus se acentuaron desde la década de los 60, años de fuerte inestabilidad política y así han seguido hasta hoy día con numerosas sublevaciones y sangrientos enfrentamientos y miles de personas desplazadas.

Burundi limita al norte con Ruanda, al este y al sur con Tanzania y al oeste con el lago Tanganika, que lo separa de la República Democrática del Congo.

Este pequeño país del interior de la región de los grandes lagos africanos, es, en general, un país montañoso, especialmente en el occidente, y con llanuras que ocupan la zona este, cerca de la frontera con Tanzania. Burundi está configurado por una altiplanicie que surcan varios ríos, entre los que se destaca el Ruvubu, y una cadena montañosa que la atraviesa por el oeste donde se abre un extenso valle recorrido por el río Ruzizi. El valle forma una gran hendidura, al norte de la cual está el lago Tanganika y al oeste el lago Kuvu. En la sierra del valle del Rift se produce la división de las aguas: el Tanganika y su afluente, el Ruzizi, alimentan la cuenca del río Congo, mientras las aguas del Kivu y otros cursos de agua se vierten en el Nilo

La altitud mínima es de 772 m. en las orillas del lago Tanganica, y la máxima en el monte Heha, una montaña que alcanza los 2.670 m. La altitud media ronda los 1.700 m.

Los principales ríos son el Ruvubu, Rusizi y Ruvironza.

La elevación es un factor importante en el clima de Burundi, que modera en gran medida su carácter tropical. La elevada altitud del país hace que las temperaturas sean relativamente frescas, con una media de 21 °C durante todo el año en la zona de la meseta central, y suelen descender por debajo de los 15 °C por la noche. En las zonas más bajas, la media anual es sólo ligeramente superior, por ejemplo en Bujumbura, en el valle de Imbo. Las precipitaciones anuales, que alcanzan una media de entre 1.500 y 1.800 mm en las zonas más altas, son sólo de unos 1.000 mm en las orillas del lago Tanganica. Hay una corta estación seca de mayo a agosto.